Le RGO est le résultat d’un trouble du mécanisme de la valve entre l’œsophage et l’estomac.

La valve, ou sphincter œsophagien inférieur, s’ouvre pendant la déglutition pour laisser la nourriture entrer dans l’estomac et se referme ensuite pour empêcher la nourriture et les sécrétions de l’estomac de remonter dans l’œsophage. Lorsque le sphincter ne se referme pas correctement, le contenu de l’estomac, qui est acide et contient des sécrétions digestives, peut remonter dans l’œsophage. 

Ce reflux de nourriture, d’acides et de pepsine (enzyme digestive) peut endommager les muqueuses de l’œsophage et causer des brûlures d’estomac.